Геномные перестройки представляют собой эволюционные «землетрясения», изменяющие структуру геномов. Минимальное количество геномных перестроек между двумя геномами (т. н. геномное расстояние) представляет собой довольно точную меру для оценки их эволюционного расстояния и часто используется в этом качестве в сравнительной геномике. Однако существующая удобная модель операций Двойных-Разрезов-и-Склеек (Double-Cut-and-Join, DCJ) для анализа наиболее частых геномных перестроек (инверсий, транслокаций, хромосомных делений и склеек) и вычисления соответствующего расстояния не учитывает возможного присутствия более редких и «драматичных» транспозиционных перестроек.
В этом докладе, я покажу, почему эволюционные транспозиции так сложны для анализа. В частности, мы увидим, что взвешенное геномное расстояние, предложенное для ограничения пропорции транспозиций в реконструированных сценариях перестроек геномов, на самом деле не достигает своей цели. Далее я опишу, как присутствие эволюционных транспозиций влияет на реконструкцию DCJ-сценариев между данными геномами. В заключение будут представлены два вычислительных метода для количественной оценки пропорции транспозиций среди всевозможных геномных перестроек, произошедших между двумя данными геномами в процессе эволюции.